Im Februar 2008 beauftragte der Bundesrat das Eidgenössische Departement des Innern (EDI), die UID einzuführen. Das zuständige Bundesamt für Statistik (BFS) hat in der Folge das UID-Register aufgebaut, welches als Referenzregister die eindeutige Identifikation der Unternehmen sowie die Zuweisung der UID sicherstellt.
Ende 2013 wurde die UID bei den 28 kantonalen Handelsregistern sowie beim Mehrwertsteuerregister eingeführt und so zwei zentrale UID-Stellen angeschlossen.
Seit 2014 ist die UID die gültige Identifikationsnummer für die Handelsregister wie auch für die Mehrwertsteuer. Für über 280‘000 Unternehmen, die in beiden Registern eingeschrieben sind, bedeutet dies bereits heute eine Reduktion der Anzahl zu führender Identifikationsnummern.
Der Anschluss der weiteren UID-Stellen erfolgt sukzessive bis Ende 2015.